Thủ tục và công việc kế toán khi góp vốn

Chào các anh chị, Công ty em mới thành lập năm 2007. Chuyển đổi từ hộ sản xuất cá thể đang hoạt động thành công ty TNHH. Công ty em đã nộp báo cáo tài chính năm 2007. Nhưng những phần góp vốn của các chủ vốn góp như: nhà cửa , vật kiến trúc, máy móc.... chưa chuyển đổi tên công ty. Đã có biên góp vốn. TSCĐ thì trước đó không có giấy tờ gì chứng minh vì nhờ cá nhân làm. Nhưng đã có biên bản họp đánh giá lại tài sản cố định. Kế toán vẫn tính khấu hao vào chi phí như bình thường. Liệu có hợp lý không? Vì chưa chuyển quyền sở hữu của công ty. Thành viên góp vốn nhà làm văn phòng không muốn chuyển đổi thành của công ty nữa mà muốn mang hình thức cho mượn nhà thôi, rồi sẽ nộp thuế thuê nhà. Sổ đỏ vẫn cho công ty mượn để vay vốn nhưng vẫn để tên cá nhân. Báo cáo tài chính thì nộp rồi. Em phải làm thế nào bây giờ. Nếu không như ý chủ sở hữu thì em phải hoàn thiện thủ tục như thế nào cho hợp lý. Cảm ơn anh chị nhiều!