Thuế thu nhập doanh nghiệp tạm tính

Xin giúp tôi giải tỏa thắc mắc này. Vừa qua phòng quản lý doanh nghiệp chi cục thuế MS-SL nhắc nhở chúng tôi nộp tờ khai thuế thu nhập doanh nghiệp tạm tính quý I. Tôi làm và nộp nhưng sau đó đội thanh tra gọi lên và phạt vì không qua một cửa xin dấu công văn đến nên không có căn cứ xác định nên tờ khai điều chỉnh lại cho là quá thời gian quy định. Cùng đó có 17 DN giống như DN tôi. Xét vi phạm lần đầu nên được xử lý với hình phạt thấp nhất là 500.000 đ. Nhưng chỉ có một vài DN như tôi bị phạt như vậy còn lại các doanh nghiệp khác vi phạm tương tự chỉ bị vi phạm cảnh cáo và nộp 200.000. Tôi có thắc mắc nhưng cơ quan Thuế nói nếu muốn thắc mắc nữa thì sẽ phạt nặng hơn. Xin quý cô bác có thể giải thích cho tôi biết lý do phạt như vậy có thỏa đáng không?